ISSN 2226-6976 (Print)
ISSN 2414-9640 (Online)

Evaluation of the sensitivity of the intestinal microbiota to bacteriophage preparations in infants with dysbiosis

Aleksanina N.V.

Rostov Research Institute of Microbiology and Parasitology, Russian Federal Service for Surveillance of Consumer Rights Protection and Human Well-Being, Rostov-on Don, Russia
The high incidence of multidrug-resistant strains among the opportunistic enterobacteria isolated from the intestine of infants with dysbioses determines the use of bacteriophages for antibacterial therapy.
Objective. To characterize the qualitative and quantitative composition of the large intestinal microflora in infants and to study the sensitivity of the opportunistic pathogens isolated from them to Russian bacteriophage preparations.
Subjects and methods. The large intestinal microflora was studied in 870 infants at risk for acute intestinal infections. The sensitivity of 650 opportunistic enterobacterial isolates from infants to bacteriophages was examined by the sterile spot method.
Results. All the infants were found to have microbiocenotic disorders, grades 2 and 3 being found in 80.5% of cases. There was a low content of bifidobacteria and a large percentage of opportunistic pathogens in associations. Of the 650 opportunistic enterobacterial strains, the high and low sensitivities to bacteriophages were noted in 53.0 ± 2.0 and 10.0 ± 1.1% of the cultures, respectively; resistance to bacteriophages was seen in 37.0 ± 1.8%.
Conclusion. Opportunistic microorganisms isolated from infants are characterized by varying degrees of sensitivity to bacteriophage preparations made in Russia.

Keywords

opportunistic microorganisms
bacteriophages
infants
intestinal microbiocenosis
dysbiosis

Экологическое неблагополучие страны, воздействие стресса, повышенный радиационный фон, неполноценность питания, массовое бесконтрольное применение антибиотиков и химиотерапевтических препаратов приводят к увеличению числа детей с нарушениями микробиоценоза кишечника, выявляемыми уже в раннем возрасте [1]. Сформировавшиеся нарушения микро­флоры кишечника у детей раннего возраста снижают иммунобиологическую реактивность организма, что способствует возникновению у них различных соматических и инфекционных заболеваний, в том числе острых кишечных инфекций [2]. У таких детей часто выделяются условно-патогенные энтеробактерии (УПЭ) (клебсиеллы, протеи, гемолизирующие и лактозонегативные кишечные палочки, патогенные стафилококки, синегнойные палочки) в монокультурах или ассоциациях в количествах, превышающих допустимые нормы. Продукты метаболизма этих микроорганизмов вызывают воспалительный процесс в кишечнике, аллергизацию организма детей, инициируют и поддерживают дисбиотические состояния [3, 4]. Бактерии родов Klebsiella, Escherichiae, Proteus, Pseudomonas, Staphylococcus относятся к разряду внутригоспитальных и являются причиной хирургических и кишечных инфекций, обладают высокой антибиотикорезистентностью [5, 6]. Одним из свойств УПЭ является быстрая выработка устойчивости к антибиотикам уже на этапе первой линии антимикробной терапии, что затрудняет лечение и профилактику этих нарушений. В связи с растущей резистентностью микроорганизмов к антибиотикам и возникающими на этом фоне проблемами при подборе антибактериальных препаратов в качестве альтернативных средств антимикробной терапии хорошие перспективы приобретают бактериофаги [7, 8]. Они оказывают специфическое направленное действие, не угнетают нормальную микрофлору, не вызывают аллергических реакций, опосредованно стимулируют факторы специфического и неспецифического иммунитета [9, 10]. Отсутствие побочных патологических реакций на применение препаратов бактериофагов позволяет эффективно использовать их у новорожденных и детей первого года жизни [11]. Эффективное этиотропное лечение и профилактика дисбиотических нарушений микрофлоры кишечника, обусловленных условно-патогенными микроорганизмами, невозможны без учета эпидемиологических данных об их чувствительности к антибактериальным препаратам. Все это делает актуальным и целесообразным не только изучение микрофлоры толстого кишечника у детей раннего возраста из групп риска, но и постоянное слежение за изменением антибиотико- и фагорезистентности выделяемых УПЭ.

Цель исследования – характеристика особенностей качественного и количественного состава микрофлоры толстого кишечника у детей раннего возраста и изучение чувствительности выделенных от детей условно-патогенных микроорганизмов к отечественным препаратам бактериофагов.

Материалы и методы

В течение 2 лет изучали фекальную микрофлору толстого отдела кишечника у 870 детей в возрасте от нескольких недель до 3 лет, проживающих в Южном регионе с высокой техногенной нагрузкой (Ростов и Ростовская область), родители которых обращались в Ростовский НИИ микробиологии и паразитологии для проведения анализов фекальной микрофлоры на дисбактериоз. Обязательным условием включения детей в исследование было наличие письменного информированного согласия родителей на его проведение.

Все обследованные дети относились к группам риска по общей заболеваемости, в том числе острыми кишечными инфекциями. В группу вошли дети, родившиеся от матерей с различной патологией, с осложненной беременностью и родами, имеющие неврологическую патологию и проходившие курсы соответствующего лечения. В исследование были включены 568 детей в возрасте от нескольких недель до 1 года и 302 ребенка в возрасте от 1 года до 3 лет с клиническими проявлениям функциональных нарушений кишечника (нарушение характера стула: диарея, запор, неустойчивый стул). 28,5% детей с первых дней после рождения находились на искусственном вскармливании. Дети периодически получали препараты нормофлоры или молочные смеси, обогащенные бифидобактериями и лактобактериями. Микрофлору кишечника, выделение и идентификацию энтеробактерий проводили с применением классических бактериологических методов [12], результаты оценивали в соответствии с ОСТ 91500.11.0004-2003 «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника»1. В исследование были включены 650 штаммов условно-патогенных микроорганизмов, выделенных от детей, в количествах, превышающих допустимые нормы (4–9 lg КОЕ/г) и обладающих множественной антибиотикорезистентностью. В их числе 145 штаммов Staphylococcus aureus, 110 штаммов коагулазоотрицательных стафилококков (COS), 113 штаммов Klebsiella pneumoniae, 95 штаммов Proteus vulgaris и Proteus mirabilis, 107 штаммов E. coli (лактозонегативных и гемолитических), 80 штаммов Pseudomonas aeruginosa. Культуры были идентифицированы по типичным биохимическим признакам традиционными методами [13], а также с применением бактериологического анализатора Vitek-2 (bioMérieux SA, Франция) и масс-спектрометрических исследований MALDI-TOF на базе оборудования Bruker Daltonik Microflex MALDI Biotyper (Bruker, Германия). У всех штаммов определяли чувствительность к специфическим бактериофагам методом «стерильных пятен», результаты учитывали по четырехкрестовой схеме. Использовали соответствующие моно- и поливалентные бактериофаги производства НПО «Микроген» (Н. Новгород и Пермь) и «Иммуноген» (Уфа). Чувствительность энтеробактерий к фагам проводили одномоментно со всеми образцами моно- и поливалентных препаратов бактериофагов.

Статистическую обработку результатов осуществляли с помощью программы Microsoft Office Excel 2003. Описание количественных признаков выполнено с помощью среднего арифметического (М) и стандартной ошибки (m). Различия считали статистически значимыми при p < 0,05.

Результаты

Была отмечена высокая распространенность кишечных дисбактериозов, особенно у детей первого года жизни (табл. 1).

У всех обследованных детей выявлены бактериологические признаки дисбактериоза различной тяжести. Преобладали дети с дисбактериозом III степени и ниже, характеризующимся выделением большого количества условно-патогенных микроорганизмов на фоне дефицита нормальной микрофлоры.

Анализ результатов исследований показал, что практически у всех обследованных детей выявлены отклонения в составе микрофлоры кишечника относительно общефизиологических норм. Частота дисбиотических нарушений у детей, соответствующих II и III степени дисбактериоза, составила 80,5%. У 19,5% детей выявлен дисбактериоз I степени. Нарушения микробиоценоза кишечника характеризовались статистически значимым (p <0,05) снижением или отсутствием облигатной флоры, в основном бифидобактерий, в меньшей степени – лактобацилл и типичной кишечной палочки. Ни у одного ребенка количество бифидобактерий не достигало нормы (109–1011 КОЕ/г фекалий). В 89,5% случаев в количествах, равных 105–1010 КОЕ/г фекалий, обнаруживали условно-патогенные микроорганизмы как в монокультурах, так и в ассоциациях. На первом месте по частоте выделения были стафилококки и K. pneumoniae, затем следовали P. mirabilis и P. vulgaris, E. coli (гемолизирующие и лактозонегативные), P. aeruginosa, Citrobacter. Монокультуры чаще всего были представлены S. aureus, а микробные ассоциации – S. aureus + K. pneumoniae или P. mirabilis и грибами рода Candida. Ассоциации из 2–3 УПЭ определены в биоценозе у 26,5% детей, из 3–4 микроорганизмов – у 50,8% детей. Наиболее глубокие нарушения микрофлоры кишечника отмечены у детей, с первых дней жизни находящихся на искусственном вскармливании. II и III степени нарушений микрофлоры кишечника сопровождались клиническими проявлениями дисбактериоза.

Наряду с исследованием фекальной микрофлоры у детей изучена чувствительность 650 штаммов УПЭ к препаратам бактериофагов, выпускаемым в нашей стране (табл. 2).

Анализ предварительного изучения чувствительности к антибиотикам выявил высокую степень антибиотикорезистентности у этих микроорганизмов. Наибольшую активность в отношении взятых на исследование культур проявляли карбапенемы (имипенем и меропенем), аминогликозиды (амикацин и гентамицин) и фторхинолоны (ципрофлоксацин и левофлоксацин) – от 81,3 до 61,0% высокочувствительных штаммов. Цефалоспорины и ингибиторзащищенные антибиотики были малоактивны или неактивны. К антибиотикам других групп культуры были резистентны. 12 штаммов Pseudomonas aeruginosa были мультирезистентными, то есть нечувствительными к антибиотикам всех классов.

Как видно из табл. 2, количество высокочувствительных штаммов бактерий семейств Enterobacteriaceae и P. aeruginosa колебалось от 52,0 + 4,7 до 56,0 + 5,5% и было практически одинаково для всех исследуемых энтеробактерий. Наибольшая чувствительность к бактериофагам выявлена у S. аureus (73,0 + 3,7%). У COS, напротив, отмечена самая высокая устойчивость к фагам (70,0 + 4,4%), и только 21,0 + 3,9% культур были высокочувствительными. Следует отметить, что чувствительность всех изученных микроорганизмов была практически одинакова как к моно-, так и к поливалентным препаратам бактериофагов. Достоверных различий не выявлено.

Обсуждение

Проведенная оценка результатов микробного пейзажа при дисбактериозе кишечника у детей раннего возраста основывалась на современных представлениях о физиологичных соотношениях разных видов нормальной микрофлоры. Степень тяжести дисбактериоза является интегративным показателем, который характеризуется нарушением нормальных соотношений основных популяций микроорганизмов кишечника [1]. В нашем исследовании преобладали дети с дисбактериозом II и III степени (29,7 и 50,8% соответственно). Анализ показал, что наиболее выраженные нарушения микробного пейзажа кишечника характерны для детей первого года жизни, у которых при низком содержании бифидобактерий в 2–3 раза чаще регистрировали колонизацию толстого кишечника стафилококками. При этом S. aureus в количественном отношении и по частоте встречаемости преобладал над COS. Также были выявлены высокое содержание дрожжеподобных грибов рода Candida у детей в возрасте от 1 года до 3 лет и более низкая частота встречаемости УПЭ и патогенных стафилококков. Отмечена зависимость между уровнем обсемененности УПЭ и S. aureus и количественным содержанием бифидобактерий и лактобактерий.

При проведении исследования нами был выявлена достаточно высокая доля фагорезистентных штаммов (37,0 ± 1,8%) и штаммов с низкой чувствительностью (10 ± 1,1%). Наиболее высокий уровень устойчивости зарегистрирован у COS – 70,0 + 4,4%.

При оценке фагорезистентности Staphlococcus spp. в целом установлена широкая распространенность устойчивости среди непатогенных стафилококков, в то время как S. aureus проявлял наиболее высокую чувствительность к бактериофагам. Нужно отметить, что среди COS доля устойчивых или низкочувствительных к фагам была в среднем в 2–3 раза больше, чем у S. aureus, и составила 79%. Тот факт, что устойчивость к фагам широко распространена у COS, является ожидаемым и объяснимым, так как лечебные препараты бактериофагов создавались с учетом литической активности в отношении прежде всего S. aureus. Изоляция устойчивых к фагам условно-патогенных микроорганизмов чаще всего регистрировалась в их микробных и грибково-микробных ассоциациях, что особенно характерно для клебсиелл, эшерихий и протеев, у которых из ассоциаций выделялось в 2–3 раза больше фагорезистентных культур (p < 0,05). Длительная циркуляция фагорезистентных штаммов в микробиоте, вероятно, инициирует и поддерживает продолжительность дисбиотических нарушений у детей.

Заключение

В результате исследования у всех детей раннего возраста, относящихся к группам риска, выявлены дисбиотические нарушения микрофлоры кишечника, в большинстве случаев II и III степени. Наиболее глубокие нарушения микробиоценоза отмечены у детей, находящихся на искусственном вскармливании с первых дней жизни. Установлено низкое содержание бифидобактерий и большой процент выделения УПЭ в ассоциациях. Выявлена значительная распространенность фагорезистентных штаммов у детей с дисбактериозом кишечника, что свидетельствует о необходимости предварительного определения их чувствительности к бактериофагам для решения вопроса о возможном включении последних в систему коррекции микрофлоры кишечника.

Полученные данные не являются стабильными и могут изменяться в зависимости от частоты использования антимикробных препаратов и изучаемого региона.

References

  1. AleshkinV.A., Afanasyev S.S., Karaulov A.V., eds. [Microbiocenosis and human health]. Moscow: Dinastiya, 2015. 548 p. (In Russ.).
  2. Vorotyntseva N.V., Mazankova L.N. [Acute intestinal infections in children]. Moscow: Medicine, 2001. 480 p. (In Russ.).
  3. Ursova N.I. [Disbacteriosis of the intenstine in children]. Moscow: Kompaniya Borges, 2006. 239 p. (In Russ.).
  4. Samsygina G.A. [Features of the formation in intestinal biocenosis in infants and intestinal disbiosis]. Consilium Medicum 2003; (2): 30–4. (In Russ.).
  5. Bondarenko V.M. [The role of opportunistic bacteria in chronic inflammatory processes of different localization]. Moscow: Isdatelstvo «Triada», 2011. 88p. (In Russ.).
  6. Egorova S.A., Makarova M.A.,Kaftyreva L.A. [Opportunistic Enterobacteriacae as thecause of the acute diarrhea and gut disbiosis]. Infeciya i Immunitet 2011; 1(2): 181–4. (In Russ.). DOI: https://dx.doi.org/ 10.15789/2220-7619-2011-2-181-184
  7. Aslanov B.I. [Bacteriophages are effective antibacterial agents in context of global antibiotic resistance]. Meditsinsky Sovet 2015; (13): 106–10. (In Russ.).
  8. Kutateladze M., Adamia R. Bacteriophages as potencial new therapeutics to replace or supplement antibiotics. Trends in Biotechnology 2010; 28(12): 591–5.
  9. Waters V., Ford-Jones EL., Petric M., Fearon M., Corey P., Moineddein R. Etiology of community-acquired pediatric viral diarrhea: a prospective longitudinal study in hospitals, emergency departments, pediatric practices and child care centers during the winter rotavirus outbreak, 1997 to 1998. Pediatr. Infect. Dis. J. 2000; 19 (9): 843–8.
  10. Akimkin V.G., Pokrovskiy V.V. [Nosocomial salmonellosis in adults]. Moscow: Russian Academy of Medical Sciences, 2002.136 p. (In Russ.).
  11. Voroshilova N.N., Kazakova T.B., Bogovasova G.G., Usmanova S.S., Alferova E.V. [Epidemiological and clinical efficacy bacteriophage preparations in the treatment and prevention of infectious diseases. Abstracts of scientific Conference «Creation and perspectives of the use of medical immunobiological preparations»]. Perm, 2009; 91–4. (In Russ.).
  12. Bondarenko V.M., Likhoded V.G. [Microbiological diagnosis of intestinal dysbacteriosis. Methodical recommendation]. Moscow, 2007. 86 p. (In Russ.).
  13. Labinskaya A.C., Kostyukova N.N., Ivanova S.M. (eds.). [Guidelines for medical Microbiology. Book 2. Private medical Microbiology and etiological diagnosis of infections.]. Moscow: BINOM, 2015. 1152 p. (In Russ.).

About the Authors

Natalya V. Aleksanina, Cand. Biol. Sci., , Senior Researcher, Laboratory of Sanitary Microbiology of Water Bodies and Human Microbial Ecology, Rostov Research Institute of Microbiology and Parasitology, Russian Federal Service for Surveillance of Consumer Rights Protection and Human Well-Being, Rostov-on-Don, Russia; е-mail: nataly10_09 @mail.ru; ORCID: http://orcid.org/0000-0001-7702-1385

Similar Articles

By continuing to use our site, you consent to the processing of cookies that ensure the proper functioning of the site.